20世紀(jì)80年代，中國海運(yùn)體制經(jīng)過放權(quán)地方、政企分開的改革，但是，政府的職能還未改變“重生產(chǎn)、輕管理”的慣性。隨著海運(yùn)市場主體的多元化，政府的工作重心僅僅放在國企上已經(jīng)不能適應(yīng)時勢的發(fā)展，必須“脫身”于企業(yè)的具體生產(chǎn)組織事務(wù)，加強(qiáng)全行業(yè)的管理。進(jìn)入90年代，轉(zhuǎn)變政府部門的管理職能、加強(qiáng)行業(yè)管理成為時代的一個主題。

在20世紀(jì)90年代，政府對亞馬遜FBA海運(yùn)的行業(yè)管理有兩個鮮明的特點(diǎn)：第一，交通部與直屬海運(yùn)企業(yè)“脫鉤”；第二，充分發(fā)揮行業(yè)中介服務(wù)組織的力量對FBA海運(yùn)業(yè)進(jìn)行管理。第一，交通部與直屬亞馬遜海運(yùn)企業(yè)“脫鉤”。1999年1月1日起，交通部與中國遠(yuǎn)洋運(yùn)輸集團(tuán)和中國海運(yùn)集團(tuán)兩家大型FBA海運(yùn)直屬企業(yè)“脫鉤”，交通部直屬的唯一的港口——秦皇島港以及中國外輪理貨總公司也與交通部“脫鉤”，至此，交通部與其所有直屬的企業(yè)均解除隸屬關(guān)系。

交通部是國務(wù)院管理海洋運(yùn)輸方式的行業(yè)主管部門。在20世紀(jì)80年代，中國政府已實(shí)施政企分開改革，先后經(jīng)歷了放權(quán)讓利、多種形式的經(jīng)營承包、資產(chǎn)經(jīng)營責(zé)任制等幾個階段，但是還未能徹底地解決政企合一的難題。這體現(xiàn)在交通部還對亞馬遜海運(yùn)企業(yè)擁有相當(dāng)大的控制權(quán)，例如FBA海運(yùn)企業(yè)的設(shè)立、合并、分立，企業(yè)主管人員的挑選和任命，以及企業(yè)經(jīng)營和財(cái)務(wù)狀況的考核、評估等重大事項(xiàng)都是由政府決定。

交通部作為政府行業(yè)部門，積極轉(zhuǎn)變政府交通職能，完成了與所屬企業(yè)的脫鉤，為集中精力抓好行業(yè)管理創(chuàng)造了有利條件。為了進(jìn)一步加強(qiáng)行業(yè)管理工作，掌握海運(yùn)行業(yè)的發(fā)展趨勢和企業(yè)經(jīng)營動態(tài)，有效地指導(dǎo)企業(yè)的改革、發(fā)展和管理，根據(jù)企業(yè)脫鉤的實(shí)際情況，交通部實(shí)行了海運(yùn)企業(yè)聯(lián)系制度，盡管此次改革并沒有使政企關(guān)系的內(nèi)在矛盾從根本上得以解決，交通部與直屬亞馬遜海運(yùn)企業(yè)“脫鉤”只是將原由交通部管理的人事權(quán)移交中央或國務(wù)院另設(shè)的專門機(jī)構(gòu)管理，財(cái)務(wù)移交財(cái)政部管理，實(shí)質(zhì)上，這次“脫鉤”改革僅是企業(yè)的人事、財(cái)務(wù)等管理權(quán)在中央政府部門間或中央與地方政府間的轉(zhuǎn)移。